Nejstarší známé varhany v kostele sv. Jana Křtitele pocházely z roku 1648, které sloužily až do roku 1831. Dnešní varhany jsou z roku 2006. Jedná se o repliku nástroje ze 17. století a podílela se na ní varhanářská dílna Kánský – Brachtl.

Jedná se o unikátní kopii, včetně materiálu, ručního opracování, konstrukce a technologie. Jako vzor varhanní skříně byl zvolen nástroj kostela Premenenia Pána v Pezinku od neznámého stavitele z roku 1662 (možná z okruhu varhanářů Butz/Passau). 

Při realizaci varhanáři čerpali z umění řemesla doby po třicetileté válce. Všechny dřevěné části nástroje jsou ručně opracované (hoblované), včetně 8 metrů vysoké varhanní skříně. Spoje nejsou vesměs klíženy, ale pouze přesně sesazeny. Píšťaly, kování, řezby – vše je výsledkem ruční práce zkušených mistrů. Nástroj má dva manuály.

Ukázky varhanní hudby z kostela sv. Jana Křtitele v Hlučíně v podání Petera van Dijka:

 

Varhaníci doprovázející mše sv. v Hlučíně a Darkovičkách:

Ivan Cigan

Marcela Chrástecká

Tereza Janečková

Matouš Krömer

Pavel Šuránek 

Štěpán Vranešic

Monika Wanderburgová